pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-6839 |
Genomic Coordinates | chr7: 64679064 - 64679176 |
Description | Homo sapiens miR-6839 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-6839-3p | ||||||||||||
Sequence | 92| UUGGGUUUUCUCUUCAAUCCAG |113 | ||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||
Experiments | Meta-analysis | DRVs in miRNA |
|
||||||||||
SNPs in miRNA |
|
||||||||||||
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
---|---|
miRNAs in Extracellular Vesicles |
|
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | POU2F2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | OCT2, OTF2, Oct-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | POU class 2 homeobox 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_002698 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on POU2F2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of POU2F2 (miRNA target sites are highlighted) |
>POU2F2|NM_002698|3'UTR 1 TGGCAGCGGGAATCTGGTGCTGGGGGCAGCCGGTGCAGCCCCGGGGAGCCCTGGCCTGGTGACCTCGCCGCTCTTCTTGA 81 ATCATGCTGGGCTGCCCCTGCTCAGCACCCCGCCTGGTGTGGGCCTGGTCTCAGCAGCGGCTGCGGCTGTGGCAGCCTCC 161 ATCTCCAGCAAGTCTCCTGGCCTCTCCTCCTCATCCTCTTCATCCTCATCCTCCTCCTCCTCCACTTGCAGCGAGACGGC 241 AGCACAGACCCCTGGAGGTCCAGGGGGGCCCGAGGCAGGGTCCAAACCTGAGTGAGGGCCAGCCATGCCTCCCCTCCCAT 321 TCCTCTGGTCCCTGCCTTGGTCCCTTGCCTGGGAAGAGGGCGAGGAGGCCAGTGGTGGGGACGCAGAGGGTCCTCAGAGC 401 AGGAGTGACAAGGGAGGAAAGACCAAAAAAACAACCAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAGAAACTAACCAACAAAAG 481 AGAAAACCAAAAATAATCACAACAGAAACCAGCTGCCCCAAAGGAACCAGAGGTGAAAAACAAACAAAAAAAAACCAAAA 561 ACAAACCAAAAAAAAAAAAAACCCACAAAATCAAACAAACCAAAAAACCAGTCGCGAGCCAGACCTCAGCGTGCTCACCC 641 TCACTGCTACGACGCCAAATAAAAACCCCAGCCAGGGGCGGAGAAGCCTCCAGCAGGTCAGACCTCATGCCACCGAGCCC 721 TGGCTGTGGGACCAACCCCCAACCCTGCCTCCCCCGTGGGGGCTACAGAAGGAAAAAGAGAAGATGCCAGCTTCCTAATC 801 CCAGCCCCCAGCCCTGGGCCAGCGAAGACAGGGCACAGCCTGGGCAGATGGGCTGGGGCTTAGCACCACCCACCAAATGT 881 TCTTTTCCAGAAGGTGAAAGAGAAAGGGCCTGAACAACCTTACACCAAATATTCAGTAGCTTCATCCAAAGGATGTACAG 961 AATTTTTAGCATTGTGCTCAACAGAATGTGTCCCTACCATGTGTCCCCTTCTCCCCTGGCCCCCAGCTCTCCCCACCTGG 1041 GCAGGGGGTCTTGCTTTAACCTCCTCCCTCCCCCCAGCAGGGGAGAGTTCAAGGGAAGGCCTGCGGACAACTTTTCATCC 1121 CCTGTTCCTCCCTCTTTTCCCCTTTGAAGGGTGGGCTAGGCCATTTTGCCAAGTTCTAGCTCTCACAAGTCCCTCCTCAA 1201 CCCTGTCACCCTCCTCTGCTCTGGAACTGACTCCCTCCCCAGCCTATGGGAAGGTGGAAATTTCAGGCAAGAGGGGATGA 1281 AGACATTCAGTTGAGGGCATTCAGTTGTCTTTTTCCATCCTGTCTGTTTCCCTGAAAAAAAAAAAAATTCATATTCCAGT 1361 GCCTATCCGTGGGATCCTTCACGTTCTTTGACATTAACCAGAAACCAAAAAGAGAACTCACCTCGCTTTTCCCACCCTGT 1441 GCCCCTCTGGTACTGGCGAATGCCTCTCCCTCCCCCCACATGCACGCACGCACACACCCCAGTGGTGGGGTTCCTCGAGA 1521 TGGCATCCCCATCAGGGTCCATGTGGTGGGGACAGTGCCACAGCCTGTGGTCCCCATCTGAGAGGGCGCGGTGGTGGCCA 1601 CCACTCCCACAAGACCTCCACAACTCTTGGCTGGACCCTGTGTTTGACCAGCCCCGGACACGTCTCCACTGACGACGGAC 1681 AGAGGAGAGACACCACTGGGAGCCACCCTGCCCTCCTGCTATTGTGGAGGCCAACAAAGTTTTGAACCGAAAACCAAAAA 1761 AACAGAAACAAACAAACAATAAATTTAAACTAGAAAAAAAATTTATATATATATATAAACATATATATATATATATATAT 1841 AAAAGGGAAAGAAGATGAGGACTCTTCAAGAATAAGATGGAACCGCGAGGCGGAGCCAAGCCCCTGCACCGGTGGTCCAG 1921 GCCCTTGTTCCCCAAGGCGGATGGAAGGACGGATGCTTCTTTCTCTTCACAAATACCTCATGGACGTTGTCTTTGGGAAA 2001 GCCGGAGGGGGCGGCTGGGGCAGGGCCTGTCCCTCGGCCAGGGCAGATGGAAGCGGGTGGGCGGGGCTGAGAGAGGGTAT 2081 CAGGGACAGGGGTGAAGAGCCCCAAACTCCCCTCCCAAATCAACTGAAAAAGCTTTAAAAAAAGACAGGAAAAAAAGGAG 2161 TAAGAAAGCAAAAAGAACAGATGAAGGAAAACTTAACAACTTTTGGGTGGTTTGATTCCTCCTTTGATTTCTTTTTCGGT 2241 TCTCTTTTGTCTGACCTCTCTCCTCCCCTCCTTCCTCTCTCCTCCCCTCCTTCCTCTCTCCTCTCCTCCTTCCTGTCTCC 2321 TCTCTCTCCCTTTGCTCTCCTCTCTTCTCTCTCAATCTTGTTCTTTCTGTGTCTCTCCTCAAACCAAAGTGTTGCAGTGA 2401 AGGACACGAGCCATTGAAATCAGGGTGGGGCCTGACAGCCGTAGTGTGGCCCCTGCCCCTTGTTGGGCAGGAGCAGAGAG 2481 AGAGGAGAGCCCTGAGACCGCAGGGCTTTGGCCTGGGCAGCTTCCACTTTCTGCCGGACACTCTGAGGAGAGGCAGATGG 2561 AGCTCCAGGCCTCAGCGTTCTCTTTTTTCCTTGTCTCCCTTCTCCCACCCGGGAAATGAAACTGTTGGGCTGGGCGACGG 2641 AGGCAGCAGAGACTCGGCCATTGCAGGGGCCTCTGGGTGCCTTGTCCGGGCAGTGGTGAAGTAGCCGCCCCTCCCACCCC 2721 GGCACGATGGGGCCTGGCACCTCGTCTACCCAACCTCACCGGAATGTAAGCATCTCCGCTGAACGACTCCCTGCCCTTAC 2801 CCTACCTCTGAGTTTGTCCATGTTTATTTCCTGAAGAGAGAAGGGACTGGCAAGAGGGCTTGGGCCCCAGCCCAAGGGTG 2881 GAGAGGGGGCCAAGGGCTCCTGACCAAATAGGAAGGACATTTGAGCAGAGCAAAATGAAAGGAATTACAACCAAAAACCC 2961 CCTCCGAGAAGACAGGCAGCATGGAAGGCATGGTGGAGATGACTCAAACAAAAACTATGATTCTAGACCAAAAAGGAAAA 3041 AAAAAAAAAAAAAAGGAAAGAAAATCCAGGACTCACCACCACCCACTTCATCCTGCTTCCTCCCCATCAAGTCCCACCAC 3121 CTGGGACCTCTCCCCACCCCAGTATGTGGGAGTGGGGTAAAGAGGAGAGGAGGAGCAGGGGGCAGGGATGGGGCAGATGC 3201 CCTGATGTTGGTGGAGGGACCCCTGTGCAGCCGGGGGTGCTGGGGACCCTCCCCATCCAACCCTCACACCTAGGAAAAGA 3281 AAAACAAGAAAAAAAAATTCCTGGGAGGGGGAAAAATAACCAAATCCCAAGCTTTAACTACAGCTGTGAAACCAAATATT 3361 GGGAAGGGGGTAGGAGGGAGGGAGGGGCAGGTGAGCCCCAGGTCTCCCCCTGGGCCCCCCTCCCCTGAGGACTCGAGATA 3441 AGGCACCAAATACCTCATAGAACTTTAATGTTAAAAAAAGGAAACCAAATATCGTTGGCTGGGGGCCAGCCAGGGCAAGG 3521 GGCTGGGGGGCTGGAGGGAGCCAGGGTTGGGAAGGTGATGGGGGAATTCATGCCCCCCACCCCCATCTGCCCCTTACACT 3601 CTGGTCCCCCGTCTCGACTCCGGGAAACAAAACTATCTCATCGTTTTTATTTTGTGGTCTGTACAGAGCCTGTGTCCGTG 3681 TGTCTGTGTATGAGCGAGAGAGTTGGAGGGCTGGGGAGCTTTATGTGGGGGATGGGGAGGGCAACCCCAGGCTAGGCTAT 3761 GGGCTAGGTTAGATGTCCGAGGTTGGGGGCCAAGGGCCTGGGCTAGAAAGAGAGGAGAGATGAGTGGGTTGGAGCAGTGG 3841 GGAGCCCTCTGAATTTCTCTTCTCCCCAACCCTGACCTCCTACTTAAGGGAGGGACAGAGACTGGGTCTACCCTAATGGT 3921 GGGCCTTTTCATTGTGCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTGATGCCAGTAACTAAACCACCTCTCTCTGTTCTCTTCTGGG 4001 GGGTGGGGTGGGTGTGTGTGTGGGGGTGGGTAGGGATGGGGAACCCAAGCCCCAGTAGGAGTTGGGGCTGAGATCAGGAG 4081 GAGGGGAAGGATATGAGTTTTCCATCCATCTCCCTGGAGAAGGCCATGACGGGCTCTCCAAGCCCTGGGGAGATCTGGCG 4161 AGGGACTAGCCAAGTCAGGGTGACCTCTTGACCTGACTAGTTTTTCTAACCCACATGAACACCAGGGTGCCTCTCTCTTC 4241 CTCTAGCCCAGGGTAGGGGGACCTGAGTGAGAGAGAGAGTGAGACAGACAGCAAGATTGAGACACGCGGGCCCCCACTGG 4321 TCTCTGAGTGGGAAAGGCAAGTGCGAGAGATAAAGGCCTCCAAGAGAAAAAAGAAACAAACCAAAGATTTAACCATTTAA 4401 AAAAAAAAAAAAACCCACAGACAACTCCGCTACCTTTTTATATGTTGGAAAAAAAGTGAAAAAAAATTAAAAATAAAAAT 4481 AAAAAAAAATACACAAAAACTCCAAGCCGCAAGTCCTTCATGCGGTTTAAACTTTGACCTCAGCAGTCTCCAAAGCAAGA 4561 CGACGATGACAAAGGCGGAAACAAAGAAAAAATAATGTATATTTTTAAGTATTTGTCCTTGAATTGTTAGCTCCTTGTTA 4641 AACAAACAAAAGGAGAGAAAAATCCAGAGAGAAGTGTTGCTGGGATGGAGACAACTATTTACTATGTCTGTGACCCCTCC 4721 CTTCTGCCTCCCTCCCCTTCCTCTCTTTCCTGTCCTCTATCCTTGCTGCCCCTCCCCCAATATGTCCCCCAAACCCAGGG 4801 GCTCAGTATTTATTTATTTATATAATTGCAGGGTGACTGGGGGCCTCTCTCGGCAACTCGTAGAGAGCCTTTGGATAATG 4881 GCAGGGTGGGGAATGGGCGAGGAGTCTTTGGGAAGAGCAGGGGCCTGAACTTTCAACTCCTTTCTGGCCTCTTGTCCCAC 4961 TGCTTCCACCATCACCTTCCAAATCCAGGGCTGCACTAGGGCAAGGTGACCACCCTACTTGGTAAAGACCTGATTGGCGC 5041 AGCCCATTCTGGTGTGGGTGTCTTTCACCACCCAGAATGACCAGGTTGGAATGGGGGTGGGTGAAGTTGGAGGGGGTGGC 5121 AAGTACAAGGCAAGGGTGCCCAGGAACCGGCATCCAGAAATCAGCCCTGGAGTAGACCTGCCTTTCCTCCATCCTTACCA 5201 AGTTAGCCTCCCTTTCAGTTCCGTCTGACCCCTGTGTTGGTAGCCCCTTCCTTCCCTTCCTGTACCCCCTCCGTCTCTTC 5281 TCGTGGTAGCGGGTTAGTGTTTCAGTGTTCTTAACTCCAATCTGCTTGTTCATTGTACAATGTGCTTCTTTTAAGGCCCC 5361 ATTTTTGTAACTTGAGTGTGTCATTCATCTGAACAACAAACATCAAAAAATAAAAAATTAAAAACTGTACAGAGAGAAAT 5441 GAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
|
||||||
Conditions | HeLa | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in Chi_124B_2A8_130_50. RNA binding protein: AGO. Condition:HeLa cell miR-124 + B
... - Chi SW; Zang JB; Mele A; Darnell RB, 2009, Nature. |
||||||
miRNA-target interactions (Provided by authors) |
|
||||||
Article |
- Chi SW; Zang JB; Mele A; Darnell RB - Nature, 2009
MicroRNAs (miRNAs) have critical roles in the regulation of gene expression; however, as miRNA activity requires base pairing with only 6-8 nucleotides of messenger RNA, predicting target mRNAs is a major challenge. Recently, high-throughput sequencing of RNAs isolated by crosslinking immunoprecipitation (HITS-CLIP) has identified functional protein-RNA interaction sites. Here we use HITS-CLIP to covalently crosslink native argonaute (Ago, also called Eif2c) protein-RNA complexes in mouse brain. This produced two simultaneous data sets-Ago-miRNA and Ago-mRNA binding sites-that were combined with bioinformatic analysis to identify interaction sites between miRNA and target mRNA. We validated genome-wide interaction maps for miR-124, and generated additional maps for the 20 most abundant miRNAs present in P13 mouse brain. Ago HITS-CLIP provides a general platform for exploring the specificity and range of miRNA action in vivo, and identifies precise sequences for targeting clinically relevant miRNA-mRNA interactions.
LinkOut: [PMID: 19536157]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset Chi_124B_2A8_130_50 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | HeLa / HeLa cell miR-124 + B |
Location of target site | ENST00000342301.4 | 3UTR | AAAAGAGAAAACCAAA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 19536157 / Chi_HITSCLIP |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
62 hsa-miR-6839-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
![]() |
![]() |
|||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
|||||
MIRT059162 | TXNIP | thioredoxin interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT064872 | ZBTB18 | zinc finger and BTB domain containing 18 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT065802 | HOXC8 | homeobox C8 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT106005 | SDCBP | syndecan binding protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT275773 | TFDP1 | transcription factor Dp-1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT314032 | PAPD7 | poly(A) RNA polymerase D7, non-canonical | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT360277 | HIST1H2BE | histone cluster 1 H2B family member e | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT360301 | HIST1H2BH | histone cluster 1 H2B family member h | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT450086 | OR2A4 | olfactory receptor family 2 subfamily A member 4 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT468815 | RSRC2 | arginine and serine rich coiled-coil 2 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT475093 | IRF2BP2 | interferon regulatory factor 2 binding protein 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT477575 | EIF1AD | eukaryotic translation initiation factor 1A domain containing | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT483926 | LCORL | ligand dependent nuclear receptor corepressor like | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT504381 | HIST1H1C | histone cluster 1 H1 family member c | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT506970 | HNRNPUL1 | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein U like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT507028 | HIST1H3B | histone cluster 1 H3 family member b | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT511561 | HIST3H2BB | histone cluster 3 H2B family member b | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT511650 | HIST1H3D | histone cluster 1 H3 family member d | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT511696 | HIST1H2BL | histone cluster 1 H2B family member l | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT511737 | HIST1H2BB | histone cluster 1 H2B family member b | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT511746 | HIST1H2BA | histone cluster 1 H2B family member a | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT515260 | CSNK1E | casein kinase 1 epsilon | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT516220 | RAB3B | RAB3B, member RAS oncogene family | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT523281 | HIST1H1E | histone cluster 1 H1 family member e | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT524121 | DMXL1 | Dmx like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT530744 | GPR82 | G protein-coupled receptor 82 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT532214 | CCDC117 | coiled-coil domain containing 117 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT546182 | TPRG1L | tumor protein p63 regulated 1 like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT558638 | CNNM2 | cyclin and CBS domain divalent metal cation transport mediator 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT559562 | ARF1 | ADP ribosylation factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT560680 | HIST1H1T | histone cluster 1 H1 family member t | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT570746 | AAK1 | AP2 associated kinase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT609518 | RAB3IP | RAB3A interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT612583 | SYNGAP1 | synaptic Ras GTPase activating protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT615733 | RIOK3 | RIO kinase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT616068 | SIX1 | SIX homeobox 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT617903 | SGCD | sarcoglycan delta | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT620851 | SERPING1 | serpin family G member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT625107 | SLC1A5 | solute carrier family 1 member 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT625120 | NUP93 | nucleoporin 93 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT625893 | LINC00632 | long intergenic non-protein coding RNA 632 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT626569 | MED7 | mediator complex subunit 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT626694 | ZFP14 | ZFP14 zinc finger protein | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT626808 | PRR11 | proline rich 11 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT628131 | HM13 | histocompatibility minor 13 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT636596 | DCAF5 | DDB1 and CUL4 associated factor 5 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT649866 | SLFN12L | schlafen family member 12 like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT652133 | TRPM7 | transient receptor potential cation channel subfamily M member 7 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT652663 | TIMELESS | timeless circadian clock | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT658335 | FAM83D | family with sequence similarity 83 member D | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT660615 | ANKS4B | ankyrin repeat and sterile alpha motif domain containing 4B | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT666304 | SLC22A3 | solute carrier family 22 member 3 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT668528 | ERGIC2 | ERGIC and golgi 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT692510 | PARD3 | par-3 family cell polarity regulator | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT694784 | DHFRL1 | dihydrofolate reductase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT700510 | PTPN14 | protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 14 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT701438 | NFYA | nuclear transcription factor Y subunit alpha | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT710155 | MTRF1L | mitochondrial translational release factor 1 like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT711436 | DLC1 | DLC1 Rho GTPase activating protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT716979 | GPR155 | G protein-coupled receptor 155 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT720155 | POU2F2 | POU class 2 homeobox 2 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT722512 | DSTYK | dual serine/threonine and tyrosine protein kinase | ![]() |
![]() |
2 | 2 |